Чтобы не возникало проблемы, что файлы сайта не доступны на запись пользователю или веб-серверу, нужно, чтобы apache работал от имени пользователя. Тогда у файлов сайта могут быть нормальные права:

644 — для файлов

755 — для папок

скрипты web-сервера смогут писать в них при необходимости, а разработчик сможет запускать от пользователя редактор для того, чтобы редактировать эти файлы — писать код.

Чтобы apache работал от имени пользователя, нужно в файле

/etc/apache2/envars

найти строки:

export APACHE_RUN_USER=www-data
export APACHE_RUN_GROUP=www-data

и поменять в обоих строках www-data на имя пользователя Linux